Po kasacie Zgromadzenia w Królestwie Polskim przez władze carskie – Dom Zgromadzenia Księży Misjonarzy na krakowskim Kleparzu stał się centralnym Domem Polskiej Prowincji. Kuria Zgromadzenia została przeniesiona z dotychczasowego Domu Centralnego przy parafii pw. Św. Krzyża w Warszawie do Krakowa, na Kleparz.
Kleparski Dom Centralny rozwijał różne dzieła. W wybudowanym w r. 1876/77 kościele pw. Św. Wincentego a Paulo, prowadzone były rekolekcje i misje ludowe, niedzielna katechizacja dzieci, działalność charytatywna; kapłani tamtejszego Domu byli kapelanami we wszystkich krakowskich szpitalach i w pobliskim Domu Helclów.
W związku z tak szeroko zakrojoną działalnością Centralnego Ośrodka Polskiej Prowincji Zgromadzenia Księży Misjonarzy, potrzebne było jakieś zaplecze gospodarcze. Tymczasem na tzw. Nowej Wsi Narodowej istniały włości – pola i ogrody – które były własnością domu na krakowskim Stradomiu. Część z nich miała służyć odtąd Domowi Centralnemu na Kleparzu.
Początkowo Zgromadzenie wybudowało tu kilkupokojowy dom z dwoma dużymi salami. Najpierw mieszkał w tym domu ogrodnik, który czuwał nad całą posiadłością. W dni rekreacyjne przychodzili do tego domu wychowankowie Małego Seminarium, założonego w 1878 roku na Kleparzu. Tu odrabiali lekcje i prowadzili ćwiczenia duchowne.
Ponieważ zaczynało brakować miejsca dla licznie zgłaszających się kandydatów do Małego Seminarium na Kleparzu i dla alumnów Wyższego Seminarium Duchownego na Stradomiu, przełożeni Zgromadzenia postanowili wybudować nowy budynek dla Małego Seminarium właśnie na Nowej Wsi. Zadecydowano również, że trzeba będzie zbudować kościół.
Plan budowy kościoła poparł Ksiądz Kardynał Albin Dunajewski, bowiem w tej okolicy nie było jeszcze świątyni. Do tego kościoła, a w przyszłości do parafii, miały należeć wsie: Łobzów, Nowa Wieś i Czarna Wieś.
W 1892 r. przystąpiono do budowy Małego Seminarium. Już w r. 1894 umieszczono tutaj Seminarium Internum, czyli kandydatów przygotowujących się do złożenia ślubów świętych w Zgromadzeniu Księży Misjonarzy. Dnia 2 grudnia 1895 r. Generał Zgromadzenia Księży Misjonarzy erygował Dom Misjonarski na Nowej Wsi. W 1896 r. Małe Seminarium z Kleparza przeniesiono na Nową Wieś.
Początkowo w Seminarium było 80 chłopców. Ale w 1934 r. było ich już 200, a po II wojnie światowej uczyło się tutaj 230 młodzieńców. Wychowankowie Małego Seminarium pracowali później jako kapłani na wszystkich stanowiskach kościelnych w kraju i poza jego granicami.
W r. 1940 hitlerowski okupant przejął gmach Małego Seminarium, zamieniając go na szpital wojskowy. Księża musieli opuścić także plebanię i zamieszkać w Domu Katolickim.
Po wyzwoleniu Krakowa, od 20 stycznia 1945 r. w gmachu Małego Seminarium mieścił się szpital dla żołnierzy radzieckich. Z chwilą zakończenia działań wojennych, Małe Seminarium wznowiło swą działalność w dawnych murach. Jednak 30 czerwca 1952 r. władze Polski Ludowej zamknęły Małe Seminarium. Prezydium Miejskiej Rady Narodowej przekazało budynek Wydziałowi Zdrowia Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej. Przez wiele lat – do roku 2005 – w dawnym budynku Małego Seminarium Księży Misjonarzy mieścił się Okręgowy Szpital Kolejowy. Teraz szpital przejął nowy właściciel i budynek czeka na wyburzenie…
Kamień węgielny pod budowę kościoła pw. NMP z Lourdes położono 25 czerwca 1892 r. Świątynia została wybudowana w ciągu dwóch lat. Kardynał Albin Dunajewski miał dokonać konsekracji kościoła, ale zmarł przedwcześnie (19 czerwca 1894 r.). Na prośbę wizytatora ks. Piotra Soubieille – kościół konsekrował przemyski biskup pomocniczy, Jakub Glazer, dnia 16 lipca 1894 r. (w 36. rocznicę ostatniego objawienia w Lourdes).
Kościół został zaprojektowany przez budowniczego miejskiego, inż. Stefana Żołdaniego. Połączył on w jego bryle i wystroju styl neoromański z neogotyckim. Projektant skorzystał z bardzo innowacyjnych – jak na owe czasy – technik budowlanych: boczne empory oraz chór organowy wsparł kolumnami żeliwnymi, wykonanymi dzięki wsparciu hut śląskich. Wnętrze można scharakteryzować jako trójnawowe, emporowe, w którym stosunek nawy głównej do naw bocznych – utworzonych pod emporami – wynosi 4:1.
Kościół poświęcono Niepokalanej Dziewicy z Lourdes. W ołtarzu głównym, zaprojektowanym przez Edwarda Kowalczyka, mieści się ustawiona centralnie figura NMP z Lourdes, wykonana w drewnie polichromowanym (wykonana została we Francji z końcem XIX wieku). Jest ona wierną kopią figury z Lourdes. Obok figury Matki Bożej znajdują się dwie figury Jej Rodziców: Joachima i Anny (można też spotkać opinię, że są to figury św. Elżbiety i św. Krzysztofa). W ołtarzach bocznych umieszczono figury: Najświętszego Serca Jezusowego (w lewym) i św. Antoniego (w prawym). Nadto w pierwszym przęśle nawy południowej zawieszony jest znakomity obraz św. Judy Tadeusza, pędzla Zofii Niedzielskiej.
Polichromia wnętrza pochodzi z dwu okresów. Pozostałością pierwotnej, wykonanej przez malarzy z okresu młodej Polski, jest gwiaździste sklepienie, natomiast dekoracja filarów i kolumn (a raczej jej brak) jest efektem renowacji przeprowadzonej w latach 90. ubiegłego wieku.
Na chórze muzycznym mieszczą się organy o neoromańskim prospekcie. Obecnie zachowany instrument jest efektem przebudowy XIX-wiecznych organów firmy Otto Rieger z Krnova na Śląsku Cieszyńskim. Na chwilę obecną instrument liczy 31 głosów (w tym 4 głosy labialne oraz 14 głosów ze starych organów), 3 manuały oraz pedał. Wyposażony jest w szafę ekspresyjną i urządzenie Crescendo.
Długość kościoła równa się wysokości jego wieży, ale nie do końca… Kościół ma 42,92 m długości, 16,50 m szerokości, 20,8 m wysokości wraz z dachem, 45,50 m wysokości do szczytu krzyża na wieży.
W dniu 1 stycznia 1923 r. ks. abp Adam Stefan Sapieha utworzył przy kościele NMP z Lourdes parafię pod tym samym wezwaniem, której prowadzenie powierzono Zgromadzeniu Księży Misjonarzy. „Złotym okresem” w historii parafii stały się lata 60. i 70. ubiegłego stulecia, kiedy na jej terenie budowano nowe osiedla mieszkaniowe oraz gmachy wyższych uczelni i miasteczko akademickie: w roku 1960 liczono 16.950 parafian, a w roku 1972 już 26.100 wiernych. Opatrznościowym proboszczem okazał się ks. Albin Małysiak, proboszcz w latach 1959—1970, gorliwy duszpasterz, twórca DA «Na Miasteczku», od roku 1970 biskup pomocniczy w Krakowie. Z powodu gorliwej pracy katechetów i spotkań dla studentów był szykanowany przez komunistyczną władzę i musiał się zmagać z jej wrogimi zamierzeniami. Sobie tylko wiadomymi sposobami zapobiegł przesunięciu biegu ulicy Lea (wówczas: Dzierżyńskiego) pod mury kościoła, jak i planom zabudowy Parku św. Wincentego (wówczas: Polewki). Tymczasem takie plany – zabudowy parku – pojawiły się w 2013 roku. Czyżby to, co nie udało się władzy komunistycznej – miało się dokonać 25 lat po jej upadku: zabudowanie parku blokami przez zachłannych deweloperów?
Z czasem na obrzeżach wielkiej parafii powstały nowe: parafia p.w. Św. Jana Kantego (1984) i parafia pw. św. Wojciecha (1988); w r. 1996 z części parafii została utworzona parafia pw. bł. Anieli Salawy. Z biegiem lat zabudowania parafialne rozbudowywano i upiększano. W r. 1970 i 1994 przebudowano prezbiterium, dostosowując je do nowych przepisów liturgicznych. W 1987 roku został wybudowany nowy budynek Duszpasterstwa Akademickiego. W 2012 roku kościół zyskał tytuł i przywileje «miejsca świętego» Roku Wiary.
Od 1932 roku działa przy naszej parafii Mieszany Chór Mariański, założony przez ks. Józefa Orszulika. Bardzo wcześnie, bo już w roku jego powstania, odnotować można pierwszy sukces zespołu, jakim było zdobycie I miejsca na Konkursie Chórów w Domu Katolickim (dzisiejszy gmach Filharmonii). Po wojnie, w 1950 roku zespół został reaktywowany przez ks. Floriana Pieczarę i jego przyjaciół, a od 1968 roku dyrygentem i kierownikiem artystycznym chóru jest dr Jan Rybarski, nieprzerwanie prowadzący prace z chórem, występujący z nim i starający się nadać mu znamiona profesjonalizmu. Chór prezentuje bogaty repertuar muzyki różnych epok – średniowiecza, renesansu, baroku, jak również kompozytorów współczesnych.
Superiorzy Domu Zgromadzenia i proboszczowie parafii
Ks. Wojciech WDOWICKI (1895 – 1900)
Ks. Walenty CIOPALSKI (1900 – 1908)
Ks. Stanisław KONIECZNY (1908 – 1912)
Ks. Jan DIHM (1912 – 1921)
Ks. Antoni WEISS (1921 – 1927) – administrator parafii od jej powstania w 1923 roku
Ks. Paweł KURTYKA (1927 – 1931)
Ks. Grzegorz JANIEWSKI (1931 – 1957)
Ks. Ludwik MOSKA (1957 – 1959)
Ks. Albin MAŁYSIAK (1959 – 1970) – biskup pomocniczy w Krakowie od 1970 roku
Ks. Edward FORMICKI (1970 – 1976)
Ks. Władysław JANKOWICZ (1976 – 1980)
Ks. Henryk OSTRZOŁEK (1980 – 1982)
Ks. Augustyn KONSEK (1982 – 1991)
Ks. Władysław BOMBA (1991 – 1994)
Ks. Czesław LECHOCKI (1994 – 1997)
Ks. Jerzy OWSIAK (1997 – 2003)
Ks. Paweł HOLC (2003 – 2011)
Ks. Jacek KUZIEL (2011—
Archiwalne zdjęcia z historii parafii:
{gallery}Historia{/gallery}